Церква була збудована коштом гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачного у 1620 р. Архітектором був козацький майстер Петро Жицький. За описом Павла Алепського 1653 року, церква мала п’ять бань зі скляними вікнами й була оточена галереями. Крім головного, храм мав бічний вівтар, присвячений Благовіщенню Богородиці. Дерев’яна церква горіла двічі: у 1658 та 1665 роках. Після 1673 р. споруджено останній дерев’яний храм, який було розібрано у 1690 р. У 1693 на місці старої дерев’яної церкви коштом гетьмана Івана Мазепи зведено новий кам’яний Богоявленський собор.